日本漫畫發展史，是一個不斷遭受質疑的歷程。批判、偏見、甚至抵制，貫穿了他從出生到強大的每一步。
一、 法西斯戰爭前和戰爭時進行的漫畫管制
戰爭年代對於思想高度控制，文化類出版物自然會被官方加以嚴格審查管制，1938年2月，日本實施《紙板劇檢閱制度》，半年後內務省下達了《關於改善兒童讀物的指示綱要》，期間33本以漫畫為中心的圖書遭到禁售處分，查禁了大量反戰，政治諷刺等類型的漫畫。其中最著名的是田河水泡的《黑野狗》。
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《黑野狗》在今天被看成是田園牧歌式漫畫的優良遺產，卻在政治漩渦中成為了犧牲品。之後在60年代，田河水泡試圖重新復刊《黑野狗》時，又因為其時代背景，被左翼人士批為軍國主義的復辟而再次停載。
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二、 戰敗初期，赤本漫畫爭議
戰後美國文化對日本產生重大影響，漫畫也不例外。官方對於出版管理已經放鬆不少，但是正規出版社刊載的漫畫依然有社會媒體方面的壓力，「赤本漫畫」應運而生。所謂的赤本就是印刷在劣質紙張上的單行本漫畫，是非法出版的地攤漫畫。赤本是地下流通的不正規商品，不受官方約束，因此內容創作上大有放飛自我的節奏。
在當時，漫畫雜誌和赤本是完全分立，死對頭般的存在。漫畫，一般是先在雜誌上連載，積累到一定頁數便出單行本販賣。漫畫雜誌從紙張到內容的質量上，都要強於赤本，但赤本漫畫成本低廉，且題材種類豐富，受歡迎程度也比雜誌漫畫要高。
手冢治蟲的處女作《新寶島》就是以赤本的形式出版的，據說當時賣出去40萬本，這在戰後物資匱乏，生活貧困的日本可以說是一個天文數字。對於之後日本漫畫的飛速發展，赤本漫畫的貢獻不容忽視。
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赤本是由不正規的地下出版社發行的，為了賺錢不擇手段，不會顧忌漫畫內容對社會的負面影響。
比如說，因為照相製版成本高昂，很多赤本漫畫採用「手寫版」方式，使用工匠把原稿抄在印刷板上，往往畫面慘不忍睹。編輯也不負責，作品常常被改的面目全非。甚至還有把不同作品印剩下的部分合起來拼湊成一冊來賣。想像一下你手裡有本漫畫書，前半部是《海賊王》，看到一半馬上打頂上戰爭了，突然變成《搞笑漫畫日和》是什麼感受。
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至於漫畫內容方面，幾乎一律是刺激兒童感官的暴力、犯罪、色情題材，媒體當然不會放過這樣有爭議性的報導，一時赤本漫畫在家長、媒體間人人喊打。
由於不同赤本漫畫出版社間互相抄襲盜版，漫畫作者們紛紛與赤本出版社決裂，加上漫畫雜誌的改革，赤本漫畫終於在50年代中期徹底退出歷史舞台。
三、50年代「驅逐壞書」運動
50年代，是人類歷史上兒童占人口比例最高的一個時期，這一階段，兒童健康教育成為了全世界高度重視的問題。英國討論了對恐怖漫畫進行統制的法案；日本，影響力最大的就是「驅逐壞書」運動了。
這段時期兒童雜誌中漫畫所占比例逐漸增多，但由於政治體制的保守化和管理的法制化，倫理性風俗的急劇變化，媒體大肆報導戰後青少年犯罪的狀況。如此多的社會劇變，所有因素都集中到了驅逐壞書運動中。
與赤本漫畫相對應的是連環畫熱潮，當時手冢式漫畫尚未成熟，傳統的連環畫式敘事方法依然是漫畫創作的主流，其中最優秀的連環畫是山川惣治的冒險故事連環畫《少年肯亞》。
包括山川惣治的《少年肯亞》，手冢治蟲的《鐵臂阿童木》、《緞帶騎士》，福井英一的《伊賀谷栗助》等一批著名漫畫相繼成為批判的對象。
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《少年肯亞》的作者山川惣治是一個受戰前體制教育出來的迂腐保守人士，但他卻創作出了當時最受歡迎的少年冒險連環畫，這個矛盾讓這部作品更加具有爭議性，也是當時日本社會思想，文化大轉型的一個縮影。
相反，手冢治蟲新派漫畫卻被批判為「胡扯，荒謬，對兒童而言過於刺激」，當時媒體報導由於《鐵臂阿童木》中一個畫面導致兒童跳河自殺事件發生，有人因模仿《月光假面》跳牆，批判家瘋狂地批判漫畫是對兒童有害的惡俗物。
四、60年代《血不倒翁劍法》《忍者武藝帳》事件
60年代，漫畫經營模式進入租書屋時代。從前租書屋的顧客皆以成年人為主，出租書的種類大部分是成人書籍。
自打50年代漫畫出版大熱以後，租書屋便開始了漫畫出租業務，這便誕生了名為「寫實漫畫」的專門面向成人的漫畫。但是，隨著漫畫業務的增多，越來越多的學生開始走進租書屋。但租書屋所提供都是成人漫畫，很好，成功引起了媒體、家長們的注意。
其中最有代表性的兩部作品，便是平田弘史的《血不倒翁劍法》和白土三平的《忍者武藝帳》。
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《血不倒翁劍法》講述了賤民部落出身的主人公因為被教他劍法的師父和師兄弟蔑稱為「穢多」非常生氣。於是殺了師父，將師兄弟們的手臂砍斷，自己也成了一個失去雙手雙腳如不倒翁一般的殘廢，即使如此，他還是沒有放棄復仇。雜誌對其殘忍進行了指摘。
被稱為租書屋的搖錢樹，對寫實漫畫的深化起到重大作用的《忍者武藝帳》全十七卷進行具體分析，竟然有1171具屍體，出現多達85個被砍下的頭顱「其頭顱飛起，血濺三尺的氣勢，不只是孩子，連成人也不得不感到震驚。
報導後，出版社迫於壓力，將責任編輯卸職，並從全國的租書店將該漫畫回收，將其全部燒毀，但這兩部作品對於日本漫畫做出的深刻影響，已經抹消不去了。
五、60年代少女漫畫興起，關於「性」的爭議
60年代日本漫畫有了更長足的發展，除了成人漫畫外，少年漫畫、少女漫畫也是在這一時間定型的。少女漫畫是日本非常有代表性的東西，相較於其他國家漫畫中的愛情故事單純以童話版美麗神聖的愛情，日本少女漫畫更是有著對」性「赤裸裸的描繪。
首先做出突破性的創舉，在現代漫畫中畫出赤裸女性上半身的勇者，是大名鼎鼎的漫畫之神——手冢治蟲。
在《前世紀——失去的世界》中，一對由植物製造的孿生姐妹，其中一個被壞人殺害，剩下一個和主人公健逃到馬曼貢星球，兩人肩並肩說到」我們是馬曼貢星球的王和王后啊！誰都知道他們要幹什麼，但是健又說什麼「我們結拜為兄妹吧」。很顯然這是被和諧的結果，因為在那個年代，兒童漫畫出現這個內容真是聞所未聞。
70年代，手冢開始連載《燒野矢八的瑪利亞》，這已經完全是部性教育漫畫了，手冢在這部漫畫里對性交以及性器官的構造進行了極其細緻的描繪。這樣的漫畫，當然沒過多久就被禁掉了。
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至80年代是黃色漫畫的黃金期，蘿莉控漫畫，BL漫畫都是在這個時期迎來他們最初的盛世。這段時期爭議性事件繁多複雜，但套路基本和上面兩部作品差不多。
六、政治漫畫，戰爭漫畫，種族歧視等爭議事件
1970年，矢口高雄所畫《男道》，非常刺眼地描寫了剛剛停戰時期，出現在黑市上和「第三國人」，也就是朝鮮人，被日本朝鮮研究所抗議，出版社道歉，作品休刊，「第三國人」字眼禁用。
1973年，《請溫柔的殺死我！》，刊載日本殲滅在日朝鮮間諜故事。朝鮮籍色情演員季紅玉，化名谷宮沙利，利用肉體輾轉日本政界軍界大人物中，搜集情報，被日本間諜兒島豪識破，兒島豪接近並與沙利發生肉體關係，最後拉出在日朝鮮間諜18人的組織，將其全部殺死。其再次被日本朝鮮研究所抗議，出版社道歉。
手冢治蟲於1989年2月去世，第二年，蘇格蘭漫畫爆發著名黑人歧視事件，即helen bannerman的《小黑人桑寶》事件，日本也受波及，媒體指責手冢漫畫《森林大帝》，而同時宮崎勤事件被大肆報導，相關出現過黑人的漫畫，幾乎都被打上種族歧視的標籤，予以封殺。
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七、漫畫剽竊抄襲爭端
從赤本時代，漫畫界便出現大規模剽竊，抄襲的案件，其中以抄襲手冢治蟲作品人數最多，比如《周刊少年magazine》中某位畫家對《失去的世界》分鏡進行露骨的抄襲。之後東京兒童漫畫會針對一系列事件做出過協議事項，但依然屢禁不止，從赤本徹底消失足見一斑。
比較著名的由抄襲引發的法律爭端，是某家物流公司，未經作者同意擅自將《海螺小姐》印上自家公司貨車，導致長谷川町子以一輛車每月一萬日元的價格，向法院起訴要求合計1258萬日元的版權損失。
真正引起轟動的是，1993年，長谷川町子遺骨被盜事件，其家人受到數千萬日元的恐嚇信，震驚日本，隨後警方順利破案，追回遺骨，但造成的社會影響依舊極其惡劣。
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八、「宮崎勤事件」
1989年宮崎勤事件，1988年～1989年發生於日本東京都與崎玉縣，被害對象為四名4～7歲的女童被誘拐後殺害。日本警視廳命名為：117號事件。後此事件在日本稱為：「東京・崎玉連続幼女誘拐殺人事件」。宮崎事件發生後，日本動漫畫產業遭受了毀滅性的打擊。至1995年才開始恢復。據不確切的統計：2004年漫畫印刷量僅為1987年印刷量的1/10。
受宮崎勤事件影響，各類與性相關的色情漫畫遭到清算，據1990年東京都生活文化局計劃科提交的報告中數據，90年6月份出版的332種月刊和周刊雜誌後發現，在1221部漫畫作品中，有608部有性行為描寫，具體涉及性交的有453部，涉及愛撫的有334部，有接吻場景的216部，男性74%都是有穿衣服的，但女性則有四成暴露了性器官，這不僅涉及漫畫內容健康問題，更有性別歧視傾向。
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在日本對於漫畫的限制，幾乎都是出於民間團體與媒體的抗議，比如《血不倒翁劍法》事件，政府完全沒有出面干預，漫畫被禁乃至燒毀，全是因為漫畫出版社無法對抗社會輿論壓力。
漫畫分級制度也並非官方頒布推行，都是製片方和發行方自覺遵守的一種社會規則，屬於業界自律。
在日本，日間放鬆全年齡段作品，晚間放送R12-R15的作品，深夜放送R15以上作品的現象，但也不是絕對的。日間放送的也有可能是R12以上，最常見的就是那個年齡階段以下是禁止觀看或者需要家長陪同觀看的。（但好像這個效果不是很明顯，最起碼，每次數字對我來說只是個擺設）。
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雖然說，現在日本動漫在世界舞台上有一定的市場地位。日本漫畫發展，在沒有官方「認真約束下」真的是野蠻生長。是一個市場優勝劣汰，不斷推出新產品的滿足新的市場需求的商業化過程。並且在此過程中不斷完善市場規範，形成嚴格的分級制度，建立一種良性循環。