與許多其他國家不同，日本國內並沒有嚴格意義上官方發布的本國大學排名。這主要是因為日本的大學分為國立大學和私立大學兩類，日本國立大學偏重學術研究，日本私立大學偏重社會實踐，兩類學校有比較明顯的風格差異，可比性不高。
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據日本文部科學省發布，日本目前擁有國立大學86所，公立大學86所，私立大學603所，計779所大學。
由於世界大學排名主要看論文數和引用數等指標，所以擔負著研究機構的角色的國立大學通常有較好的世界排名。而名牌私立大學的教學制度更為先進，培養的學生綜合素質高，在日本非常受認可，因此在找工作時極具優勢。比如：早稻田大學和慶應義塾大學，在日本人眼中地位極高，有著無可撼動的社會地位和極好的口碑，企業對其畢業生的滿意度調查里，早慶雙雄常年位居前三。
日本官方沒有私立大學排名，依據國立大學排名及日本民間一般對大學會有一個印象上的大致分級，大致是結合了大學學術水平和就業水平後的一個綜合認識，比較能反應日本人眼中大學的檔次。
日本民間排名把日本的大學共分為了S級到F級。其中，S級大學最好，是國際超一流大學;A級其次，是次國際一流大學;再往下是B類國內一流大學、C類國內次一流大學、D類國內二流大學，依次類推，超過600所大學被歸為E、F級別大學。
另外，日本各大學所加入的大學聯盟，也類似中國的C9聯盟，能反應出日本哪些大學處於第一集團。
近年隨著日本30萬留學生計劃的實施，來日求學的中國人數比以往增加的許多，為方便留學生更好的選擇學校，再次介紹日本大學概況。
日本國內共有779所學部大學(學歷對應我國870餘所本科大學)及眾多專門學校(學歷對應我國大專、專科院校)，但因中國政府不承認日本專門學校學歷，所以大多留學生還是選擇進大學。
國內有112所211院校，39所985院校，而日本並類似211、985之類的工程，若對應211、985，在日本進學的同學，最好考入國公立大學排名前45及私立大學排名前35的大學，進一步追求的同學可以選擇前二十的國公立大學(不包括國立前十大學)及私立的前十五名大學(不包括早慶)。
學霸們或日語十分優秀的同學可以考前十國立(自信考滿分的可以試試東京大學京都大學之類)及私立雙雄早慶。
以下為日本綜合國立大學、公立大學、私立大學多角度排名(非僅學術排名)，僅供參考。
S級大學-國際超一流大學
【S1】：東京大學。
【S2】：京都大學。
A級大學-國際一流大學
【A1】：東京工業大學、一橋大學、慶應義塾大學。
【A2】：大阪大學、東北大學、名古屋大學。
【A3】：九州大學、北海道大學、早稻田大學。
B級大學-國內一流大學
【B1】： 神戶大學、東京外國語大學、筑波大學。
【B2】：橫濱國立大學、千葉大學、廣島大學、御茶水女子大學。
【B3】：首都大學東京、東京學藝大學、大阪外國語大學(現為大阪大學外國語學部)、大阪市立大學、上智大學、同志社大學。
C級大學-國內次一流大學
【C1】：金澤大學、岡山大學、熊本大學、電氣通信大學、東京藝術大學、大阪教育大學、京都工藝纖維大學、名古屋工業大學、東京理科大學、明治大學、青山學院大學、關西學院大學、立教大學。
【C2】：埼玉大學、新瀉大學、靜岡大學、中央大學奈良女子大學、東京海洋大學、東京農工大學、九州工業大學、橫濱市立大學、大阪府立大學、京都教育大學、名古屋市立大學、學習院大學、立命館大學。
【C3】：法政大學、關西大學、明治學院大學、專修大學、滋賀大學、信州大學、群馬大學、茨城大學、京都府立大學、小樽商科大學、南山大學、成蹊大學。
D級大學-國內二流大學
東洋大學、駒澤大學、國士館大學、東海大學、龍谷大學、甲南大學、武藏大學、東京都市大學等。
地方國公立大學、首都圈京阪神地區中日本地區各大中堅私立大學、專業性理工科大學等近50所大學。
E級大學-三流大學
不入流國公立大學、首都圈普通私立大學等近100所大學。
F級大學-四五流不入流大學
近500所各式各樣私立大學。